为了生物学家更加容易使用命令荇模式的生物信息工具在数据分析流程集成工具水平下我们设计了 “小封装” 模式，即封装一些常用的几个工作步骤尽量使用优化后嘚默认参数，整个小封装依赖实现的 “tool-utils” 比如 blast序列比对-utils 、 fastx-utils 、

小封装 blast序列比对-pipe 目的就是解决序列比对blast序列比对的提交任务， 命令行接口：

朂简单的任务提交模式：

为什么要对序列比对也进行封装呢?

. 使用'fastx-utils partition' 对序列进行分拆多进程执行，提高CPU利用率可有效支持集群模式；
. 可增加很多辅助操作，将生成的文件直接转换成Excel文档；
. 按照自己常用需求调整默认参数减少命令行提交复杂度；

1、Global alignments 全局比对：尽可能保证两条序列的碱基都能配对因此会有比较多的错配和gap，但是不会对序列两端对gap进行罚分

2、Local alignments 局部比对：尽可能的找到能最优匹配对子区域。

6??blast序列比对 会自动过滤掉一些低复杂度的序列（高度重复）使用 -dust no 关闭过滤