NAMD教程第一个例子，就是生成泛素的psf文件出问题 - 实验交流 - 生物秀
标题: NAMD教程第一个例子，就是生成泛素的psf文件出问题
摘要: [NAMD教程第一个例子，就是生成泛素的psf文件出问题] 求助各位大侠，我在运行NAMD第一个例子时，运行到生成泛素psf文件时，就是这一步：单击 Extension → TK Console 菜单项，弹出VMD TkConsole窗口。首先用cd命令改变当前目录到namd-tutorial
1-1-build 下。然后输入下列命令：set ubq 关键词:[泛素 单击]……
求助各位大侠，
我在运行NAMD第一个例子时，运行到生成泛素psf文件时，
就是这一步：
　　　单击 Extension → TK Console 菜单项，弹出VMD TkConsole窗口。首先用cd命令改变当前目录到namd-tutorial /1-1-build 下。然后输入下列命令：
　　　set ubq
　　　$ubq writepdb ubqp.pdb
其中，我TK控制台在改变当前目录的时候，结果显示：“couldn"t change working directory to &e:/Namd-tutorial
-1-build&: no such file or directory”
求助，这是什么原因呢？
为什么会no such file or directory呢？回复可能是你后面的目录名称写错了回复use ls
command to make sure ubq.pdb file exist.回复目录明，cd的文件夹不对，还有不能中文命名
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菜鸟求助。用gromacs的什么指令可以分析氢键能大小？已有2人参与
用gromacs的什么指令可以分析氢键能大小？？怎么分析啊？
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引用回帖:: Originally posted by smutao at
可以使用catdcd工具将gromacs的轨迹输出成amber的轨迹格式后
使用ambertools里面的轨迹分析工具进行分析氢键能量 好的，我先去试一试，不懂得再请教你，谢谢
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可以使用catdcd工具将gromacs的轨迹输出成amber的轨迹格式后
使用ambertools里面的轨迹分析工具进行分析氢键能量
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gromacs好像不能单独的分析氢键的能量，可以md -rerun，重跑了能量文件，然后用g_energy分析能量
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引用回帖:: Originally posted by
gromacs好像不能单独的分析氢键的能量，可以md -rerun，重跑了能量文件，然后用g_energy分析能量 能说的在具体一点么，，，十分感谢啊
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求助关于namd中能量优化的一点疑问
能量优化过程说要分两步进行：通常我们会首先将蛋白质固定而仅允许水分子运动，进行能量最小化和能量平衡；然后允许蛋白质和水分子同时运动。这是要在配置文件中自己设置吗，还是namd本身就固定了这种模式？
还有我在一篇文献中看到可以在namd的能量最小化和动力学模拟中对蛋白质溶质施加指定大小的约束，并缓慢升温。但是我在namd的tutorial和user guide中都没有看到这方面的内容，所以不知道具体该怎么做
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送红花一朵
楼主，我想问问你，你这方面解决了没？最近我也在做这些，文献，大部分都是分两步两做的，你最后怎么解决的
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NAMD中如何加入新的小分子做模拟
一个新的小分子片段如何在NAMD中进行模拟。
用VMD生成不了psf文件呀！！！
求高手解答，应该怎么操作。
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1、“reading topology file top_all36_cgenff.rtf”&&你的 “ top_all36_cgenff.rtf” 文件中有甲烷的拓扑吗？
2、建议你好好学习一下NAMD官网上有关拓扑文件和参数文件的内容，再做不迟。
3、好好学习一下VMD 的命令以及意义。懂了之后你自然知道问题出在哪里。
4、甲烷这种简单的分子VMD 里InorganicBuilder 里面有个 add bond 功能，直接添加键角二面角等信息就行了
5、学好VMD的工具，磨刀不误砍柴工
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09:23:47lyfxie8607: 金币+3
无论用什么分子模拟软件，你除了要有体系的坐标文件（pdb），还要topology(分子成键的信息）和力场参数文件，用经典力学来理解的话，你有了初始位置，你还要知道各个质点的相互作用势能函数（对于分子体系来说，你要确定原子间那些是bonded stretch /dihedral/vdw/col，这就需要topplogy, 而作用函数的形式和参数就需要从 力场文件给出），你才能预测一个体系各个质点在任一时刻的位置的速度
如果你是NAMD常用的力场charmm, 你就去charmm ff 力场 中找你要用到小分子的topology 和 力场参数。用psfgen 产生psf 文件（成键信息）。如果没有就找相似的，在此基础定义一个。NAMD 有相关的教程 topology 和paratool
(职业作家)
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【答案】应助回帖
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非高手，仅为
菜鸟经验1、NAMD 官方网站有几个教程非常值得一看，特别是关于建立拓扑文件和生成psf，如果你再仔细研究一下其他的几个比如DNA穿过纳米孔的教程，你自然就知道如何来做了。而且你还需要知道参数文件之类的，不然即使你生成了PSF 文件，等你到NAMD 中计算的时候，还会遇到很多问题。
菜鸟经验2、VMD 我觉得是做MD 模拟最重要的工具，如果你的小分子有拓扑文件，直接根据拓扑文件生成psf即可（这个手册上告诉你了怎么办）；如果没有拓扑文件，可以采用下面的方法：
mol load pdb yourpdbfile.pdb
set all [atomselect top all]
$all writepsf yourpdbfile.psf
简单吧，三条命令就建立了psf 文件，但是这里面没有你的小分子成键，角，二面角等信息，
你可以继续使用VMD 的 inorganic Builder 插件——Task——add bonds 工具来建立键角等信息。值得注意的是，这过程中，你需要清晰的理解几个概念：name,&&type&&， resname，segname, resid ,以及模拟盒子的周期等的意思。
菜鸟经验3、多看手册，多思考，多来论坛讨论交流
PS 我不需要金币奖励，楼主多奖励其他参与交流的虫友吧！
[ Last edited by jiaoyixiong on
at 09:25 ]
(著名写手)
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引用回帖:: Originally posted by jiaoyixiong at
非高手，仅为
菜鸟经验1、NAMD 官方网站有几个教程非常值得一看，特别是关于建立拓扑文件和生成psf，如果你再仔细研究一下其他的几个比如DNA穿过纳米孔的教程，你自然就知道如何来做了。而且你还需要知道参数文件之 ... 感谢。
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&【求助】初学NAMD遇到一个问题
【求助】初学NAMD遇到一个问题
作者 leewz922
我是NAMD的初学者，按一个教程在学习，当人工制作泛素PSF文件时，
打入命令： source ubq.pgn后
出现以下提示，
too many arguments specified MOLECULE DESTROYED BY FATAL ERROR!
请问，这是什么意思？怎么解决这种问题？
&&我知道VMD有自动生成PSF文件的工具（Extensions→Modeling→Automatic PSF Builder）但是具体怎么操作，谢谢各位！
无论初学者, 还是精通namd/vmd, 都不建议使用autopsf
至于那个错误, 可以一步一步按tutorial操作,
还有问题请一步一步讲一下你的操作方法.
引用回帖:Originally posted by bay__gulf at
无论初学者, 还是精通namd/vmd, 都不建议使用autopsf
至于那个错误, 可以一步一步按tutorial操作,
还有问题请一步一步讲一下你的操作方法. 我按照tutorial上指示，人工生成PSF文件，当在控制台上输入topology top_al127_prot_lipid.inp 时出现了错误，如下：
“ERROR: Unable to open topology file top_al127_prot_lipid.inp
MOLECULE DESTROYED BY FATAL ERROR!&&Use resetpsf to start over.”
，怎么解决这个错误，
你落下了一步,
细细品一下我在二楼的说法
引用回帖:Originally posted by bay__gulf at
你落下了一步,
细细品一下我在二楼的说法 我按照tutorial上的步骤，先是 package require psfgen 调用psfgen数据包，
然后输入 topology top_al127_prot_lipid.inp ，载入拓扑文件，接着就出现了那个错误，“ Unable to open topology file top_al127_prot_lipid.inp” 我仔细看了tutorial,我没落什么，你以前见过这样的错误没？
那就请一步一步讲一下你的操作方法
引用回帖:Originally posted by bay__gulf at
那就请一步一步讲一下你的操作方法 我刚又重新输入，顺利的生成了PSF文件，没有出现之前的错误提醒，也许我之前的操作有问题，我自己再好好研究下…………
我初学，也许开始说的有点混乱，呵呵&&谢谢你不厌其烦帮忙～哈哈
[ Last edited by leewz922 on
at 21:00 ]
注意当前目录和各个pdb, top 文件所在的目录
新手都会遇到各种各样的问题, 排错是常有的事, 日后会经常遇到
不要堆砌操作, 多想想道理, 会轻松很多
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