Gromacs&4.6.1&GPU版本安装测试过程
Gromacs 4.6.1
GPU版本安装测试过程
4.6.1编译环境：
Intel Compiler 2013
NVIDIA Tesla K20
MVAPICH2 1.8.1
fftw 3.3.2
Gromacs 4.6.1 GPU
下载Gromacs
4.6.1源文件
网站下载：。
$ tar &xzvf
gromacs-4.6.1.tar.gz
gromacs-4.6.1
CXX=icpc cmake &..
-DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON &\
-DGMX_GPU=ON& \
-DGMX_MPI=ON
-DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/usr/local/bin/gromacs-4.6
-DGMX_PREFER_STATIC_LIBS=ON
如果用gcc编译器，
-DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON &\
-DGMX_GPU=ON
-DGMX_MPI=ON
-DGMX_CPU_ACCELERATION=None \
-DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/usr/local/bin/gromacs-4.6
fftw-3.3.2.tar.gz
gromacs-4.6/build/src/contrib/fftw/gmxfftw-prefix/src
以water-1536k测试实例：
/usr/local/bin/gromacs-4.6.1/bin/GMXRC.bash
$ grompp_mpi &f
grompp.mdp &c conf.gro &p topol.top &o my.tpr
$&mpirun -np 1 mdrun_mpi& -s
$ mpirun -np 8
mdrun_mpi &s my.tpr
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gpu(cpu)版安装gromacs完整步骤
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gpu(cpu)版安装gromacs完整步骤
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Ubuntu（4）
本文描述了在 Ubuntu 12.04 系统下安装 Gromacs 4.6.5（CPU 版和 GPU版）的详细步骤。
编译机器安装的 NV 显卡驱动为 319.82，CUDA 版本是 5.5（安装在/usr/local/cuda目录下），已经正确安装软件 freeglut 和 g++。
安装 gromacs 之前，需要先安装 fftw、openmpi 和 cmake。各软件的安装版本和规划要安装的目录如下：
/opt/openmpi
系统设定 /usr/bin
/opt/gromacs-4.6.5-cpu（CPU 版）
/opt/gromacs-4.6.5-gpu（GPU 版）
&&&&由于安装过程需要对 /usr/bin 目录进行写操作，建议由管理员用户进行安装。
使用的软件包：
&&&&&&&&&&& fftw-3.3.tar.gz
&&&&&&&&&& openmpi-1.6.5.tar.gz
&&&&&&&&&& cmake-2.8.9.tar
&&&&&&&&&& gromacs-4.6.5.tar.gz
&&&红色字是输入内容
1.在用户的家目录下建立一个工作目录 gromacs，将 4 个软件包拷贝到该目录下；
2.在 /opt 目录下建立 fftw、openmpi、gromacs-4.6.5-cpu 和 gromacs-4.6.5-gpu 目录，用于安装相应文件；
3.安装及配置openmpi
# cd gromacs
# tar xvf openmpi-1.6.5.tar.gz
cd openmpi-1.6.5
./configure --prefix=/opt/openmpi
由于 openmpi 要安装在 /opt/openmpi 下，所以 --prefix 指定了目录。
# sudo make install
&&&&&& 这时候在 /opt/openmpi 目录下生成 bin、etc、include、lib 和 share 五个子目录。
4.安装 fftw
# tar xvf fftw-3.3.tar.gz
# cd fftw-3.3
#./configure --prefix=/opt/fftw --enable-float --enable-shared
由于&fftw 要安装在 /opt/fftw 下，所以 --prefix 指定了目录。
# sudo make
# sudo make install
这时候在 /opt/fftw 目录下生成 bin、include、lib 和 share 四个子目录。
5.设置环境变量
# vi ~/.bashrc
& 修改 PATH 内容，增加 cuda 和 openmpi 的 bin 目录；修改LD_LIBRARY_PATH 内容，增加 cuda、openmpi 和 fftw 的 lib 目录。
具体到本机，.bashrc 增加如下内容：
&&&&&&&&&&&&& export PATH=/usr/local/cuda/bin:$PATH
&&&&&&&&&&&&& export LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/cuda/lib64:$LD_LIBRARY_PATH
&&&&&&&&&&&&& export PATH=/opt/openmpi/bin:$PATH
&&&&&&&&&&&& export LD_LIBRARY_PATH=/opt/openmpi/lib:$LD_LIBRARY_PATH
&&&&&&&&&&&&& export LD_LIBRARY_PATH=/opt/fftw/lib:$LD_LIBRARY_PATH
保存退出。
关掉当前终端窗口，重新开启一个终端窗口。
6.安装 cmake
# cd gromacs
# tar xvf cmake-2.8.9.tar
cd cmake-2.8.9
./bootstrap
# sudo make
# sudo make install
7.安装 gromacs
# tar xvf gromacs-4.6.5.tar.gz
cd gromacs-4.6.5
编译 CPU 版本
建一个编译的工作目录 build-cpu，在其下操作，编译成功后，/opt/gromacs-4.6.5-cpu 下生成相关目录。
mkdir build-cpu
cd build-cpu
sudo cmake .. -DFFTWF_LIBRARY=/opt/fftw/lib/libfftw3f.so -DFFTWF_INCLUDE_DIR=/opt/fftw/include -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/opt/gromacs-4.6.5-cpu
sudo make install
编译成功后，/opt/gromacs-4.6.5-cpu 目录下生成 bin、include、lib 和 share 四个子目录。
编译 GPU 版本
建一个编译的工作目录 build-gpu，在其下操作，编译成功后，/opt/gromacs-4.6.5-gpu 下生成相关目录。
mkdir build-gpu
cd build-gpu
sudo cmake .. -DFFTWF_LIBRARY=/opt/fftw/lib/libfftw3f.so -DFFTWF_INCLUDE_DIR=/opt/fftw/include–DGMX_GPU=ON -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/opt/gromacs-4.6.5-gpu
sudo make install
编译成功后，/opt/gromacs-4.6.5-cpu 目录下生成 bin、include、lib 和 share 四个子目录。
&&&&& 可以将比较长的命令保存为脚本文件，然后 shell 调用执行。如我们可以建立 cpu.sh 和 gpu.sh，内容为：
&&&&&&&& cpu.sh的内容：
cmake .. -DFFTWF_LIBRARY=/opt/fftw/lib/libfftw3f.so \
-DFFTWF_INCLUDE_DIR=/opt/fftw/include \
-DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/opt/gromacs-4.6.5-cpu
那么，编译 CPU 版本的工作简化为：
mkdir build-cpu
cd build-cpu
sudo sh cpu.sh
# sudo make install
&&&&&&&& gpu.sh的内容：
cmake .. -DFFTWF_LIBRARY=/opt/fftw/lib/libfftw3f.so \
-DFFTWF_INCLUDE_DIR=/opt/fftw/include–DGMX_GPU=ON \
-DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/opt/gromacs-4.6.5-gpu
那么，编译 GPU 版本的工作简化为：
mkdir build-gpu
cd build-gpu
# sudo sh gpu.sh
sudo make install
参考知识库
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排名：千里之外
原创：23篇
(1)(2)(4)(4)(1)(1)(1)(5)(1)(4)【软件】分子动力学软件GROMACS在GPU上的应用-GROMACS-GPU-C2050-应用中心-GPU世界-专注超级计算领域
您的位置：»
【软件】分子动力学软件GROMACS在GPU上的应用
作者/来源: 寇大治等/上海超算中心发布于:
15:11:39点击数: 5458
&&&&& 伴随着高性能计算的发展，硬件在计算能力和功耗上的矛盾越来越突出，作为试图缓解这一问题的协处理和众核技术的代表，GPU在最近几年逐渐风靡全球。而分子动力学计算作为高性能计算的主要应用领域之一，一直备受人们的关注，GROMACS正是分子动力学软件的主流代表之一。本文首先对GROMACS软件的GPU版本作业一些介绍，尤其是其与原CPU版本的区别做了一些解释。之后就利用了NVIDIA公司C2050型号GPU设备和上海超级计算中心&魔方&超级计算平台，就一些典型的分子动力学体系分别在GPU和CPU上进行了GROMACS软件的测试和比较，并对计算性能的区别进行了讨论。
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